Xét về ý nghĩa học thuyết, Pháp Luân Công hướng tới sự "không có hình thức", rất ít hoặc không có tổ chức hữu hình hay chính quy. Các học viên Pháp Luân Công không được thu tiền hoặc tính phí, chữa bệnh, hoặc giảng dạy hoặc diễn dịch các lời giáo huấn cho người khác.[85] Không có người quản lý hay nhân viên, không có hệ thống hội viên, và không có nhà thờ hoặc nơi thờ tự.[14][72][86][87] Vì không có các nghi lễ kết nạp thành viên hay nhập môn, những người tập Pháp Luân Công có thể là bất kỳ ai tự nhận định mình như vậy.[88] Các học viên tự do tham gia tập luyện và tuân thủ theo các bài giảng nhiều hay ít tùy thuộc vào bản thân họ, và những người tập cũng không chỉ dẫn người khác tin vào điều gì hay cư xử như thế nào.[62][84][89]

Quyền năng chỉ được trao duy nhất trong các bài giảng của người sáng lập Lý Hồng Chí.[85] Nhưng về mặt tổ chức, Pháp Luân Công là phân tán quyền lực, và các chi nhánh và phụ đạo viên địa phương không được hưởng các đặc quyền, có thẩm quyền hoặc chức vụ đặc biệt nào. Những “phụ đạo viên” hay những “liên lạc viên” tình nguyện không có quyền hành đối với những người tập khác, bất kể họ đã tập Pháp Luân Công trong bao lâu.[71][90] Quyền năng của Lý Hồng Chí trong giáo phái này là tuyệt đối, nhưng cách tổ chức của Pháp Luân Công đi ngược lại sự kiểm soát toàn diện, và Lý không can thiệp vào cuộc sống cá nhân của các học viên. Những người thực hành Pháp Luân Công có rất ít hoặc không có liên hệ gì với Lý, ngoại trừ việc học tập các bài giảng của ông.[71][84] Pháp Luân Công không tồn tại hệ thống phân cấp để bắt tuân theo một tư tưởng chính thống, và rất ít hay không nhấn mạnh về kỷ luật giáo điều; điều duy nhất được nhấn mạnh là cần phải hành xử theo tiêu chuẩn đạo đức nghiêm khắc, theo Craig Burgdoff, một giáo sư nghiên cứu tôn giáo.[71]

Về phạm vi tổ chức đã đạt được trong Pháp Luân Công, điều đó đã được thực hiện thông qua một cộng đồng kết nối toàn cầu chủ yếu là trực tuyến. Cụ thể, truyền thông điện tử, danh sách email và nhiều trang web là phương tiện chủ yếu để điều phối các hoạt động và phổ biến các bài giảng của Lý Hồng Chí.[91]

Bên ngoài Trung Quốc đại lục, một mạng lưới các "người liên hệ” tình nguyện, các Hiệp hội Pháp Luân Công khu vực và các câu lạc bộ trường đại học tồn tại trên khoảng 80 quốc gia.[92] Các bài giảng của Lý Hồng Chí chủ yếu được lan tỏa qua Internet.[72][93] Ở hầu hết các thành phố từ trung bình đến lớn, các học viên Pháp Luân Công tổ chức các buổi thiền định hoặc các buổi học tập định kỳ, trong đó họ sẽ tập luyện Pháp Luân Công hay đọc các bài viết của Lý Hồng Chí. Các buổi tập và thiền định được mô tả là khi các nhóm học viên tụ họp tại các công viên công cộng không theo nghi thức nào-thường là buổi sáng- tập luyện trong một đến hai giờ.[72][84][94] Các buổi học nhóm thường diễn ra vào buổi tối tại nhà riêng hoặc ở trường đại học hoặc các lớp học trung học, và được David Ownby mô tả là ‘điều gần giống nhất với "hoạt động giáo phái"’ thông thường của Pháp Luân Công.[95] Các cá nhân nào quá bận rộn, xa cách, hoặc những người chỉ đơn giản là thích sự tĩnh mịch có thể quyết định tập luyện riêng lẻ.[95] Khi có các chi phí (chẳng hạn như phí thuê cơ sở vật chất cho các hội nghị quy mô lớn), thì chi phí đó được thanh toán bởi những cá nhân tự nhận lãnh và tương đối giàu có trong cộng đồng.[48][96]

Các tổ chức tại Trung Quốc đại lục

Năm 1993, Hội Nghiên cứu Pháp Luân Công ở Bắc Kinh được chấp nhận là chi nhánh của Hiệp hội Nghiên cứu khí công Trung Quốc (HHNCKC), là một cơ quan nhà nước, giám sát việc quản lý các môn phái khí công khác nhau trên cả nước, và tài trợ các hoạt động và hội thảo. Theo các yêu cầu của HHNCKC, Pháp Luân Công được tổ chức thành một mạng lưới các trung tâm hỗ trợ trên toàn quốc, "các trạm chính", "các chi nhánh", "các trạm hướng dẫn" và các địa điểm tập luyện tại địa phương, phản ánh cấu trúc của cộng đồng khí công hoặc thậm chí là cấu trúc của chính Đảng Cộng sản.[87][97] Các phụ đạo viên Pháp Luân Công là những tình nguyện viên tự nguyện dạy các bài tập, tổ chức các sự kiện, và phổ biến những bài viết mới của Lý Hồng Chí. Hội Nghiên cứu Pháp Luân Công đã đưa lời khuyên cho học viên về các kỹ thuật thiền định, các dịch vụ dịch thuật và điều phối cho việc tập luyện trên toàn quốc.[87]

Sau khi rời khỏi HHNCKC vào năm 1996, Pháp Luân Công bị các cơ quan chức năng kiểm soát chặt chẽ hơn và đã đáp lại bằng cách áp dụng cơ cấu tổ chức phân cấp và lỏng lẻo hơn.[84] Vào năm 1997, Hội nghiên cứu Pháp Luân Công chính thức bị giải thể, cùng với các "trạm phụ đạo chính" ở các khu vực.[98] Tuy nhiên, các học viên vẫn tiếp tục tự tổ chức ở các cấp địa phương, kết nối với nhau thông qua các phương tiện giao tiếp điện tử, các mạng lưới giữa các cá nhân và các điểm luyện công tập thể.[84][99] Cả các nguồn tin từ Pháp Luân Công và các nguồn tin của chính phủ Trung Quốc đều tuyên bố rằng có khoảng 1.900 "trạm hướng dẫn" và 28.263 điểm tập luyện Pháp Luân Công tại địa phương trên cả nước vào năm 1999, mặc dù họ không đồng ý về mức độ điều phối theo chiều dọc/từ trên xuống giữa các đơn vị tổ chức này.[100] Để đối phó với cuộc bức hại bắt đầu vào năm 1999, Pháp Luân Công đã chuyển sang hoạt động bí mật, cấu trúc tổ chức phát triển theo hướng ngày càng phi hình thức ở Trung Quốc, và internet trở thành phương tiện ưu tiên dùng để kết nối các học viên.[101]

Sau cuộc bức hại Pháp Luân Công vào năm 1999, chính quyền Trung Quốc đã cố gắng miêu tả Pháp Luân Công như một tổ chức có thứ bậc và có gây quỹ. James Tong viết rằng chính phủ miêu tả Pháp Luân Công như một tổ chức có kết cấu chặt chẽ nhằm biện minh cho hành động đàn áp của mình: "Càng chứng minh được Pháp Luân Công là một tổ chức nhiều chừng nào thì càng chứng tỏ tính đúng đắn của cuộc đàn áp của chế độ dưới danh nghĩa là duy trì trật tự xã hội nhiều chừng nấy".[102] Ông kết luận rằng những lời tuyên bố của Đảng thiếu "cả bằng chứng bên trong và bên ngoài để chứng minh", và mặc dù tiến hành bắt giữ và thẩm vấn, các nhà cầm quyền không bao giờ "phản bác các cáo buộc/Pháp Luân Công một cách đáng tin cậy".[103]